Mintis apie mokyklą pradėjo bręsti nuo pat bažnyčios (Vilniaus Naujojo Testamento baptistų bendruomenės) susikūrimo, t.y. 1992 
m. Keli mokytojai ir šiaip jauni karšti krikščionys troško savo vaikus auklėti krikščioniškai.
1999 m. prasidėjo pirmieji mokslai. „Malonės“ baptistų bendruomenės patalpose du kartus per savaitę rinkosi paruošiamosios klasės vaikai.
2000 m. buvo gautas pastatas strategiškai puikioje vietoje – prie pat Vilniaus stoties, apsitvarkę mokslai buvo čia perkelti 2001 m.
Savarankiškai, oficialiai steigti savo mokyklos nebuvo galimybių, todėl prisijungėmė prie Vilniaus „Tikėjimo žodžio“ privačios mokyklos.
Nuo 2002 m. registravomės kaip savarankiškai besimokantys mokiniai, o mokėmės savose patalpose.
2008 m. registracija buvo perkelta į Klaipėdos „Vaivorykštės tako“ mokyklą, susikūrusią bažnyčios tėvų iniciatyva. Mokyklą pasiekė dalis krepšelio , buvo įdarbinti keli mokytojai.
Nuo 2012 m. esame savarankiška mokykla – „Vaivorykštės tako“ vidurinės mokyklos Vilniaus filialas.
Nuo 2015 m. rugsėjo mėn. gavome gimnazijos statusą ir naują pavadinimą „Vaivorykštės tako“ gimnazijos Vilniaus filialas.
